Dix années ont passées depuis la fin de Dragon Ball Z. Oob s'entraine avec Son Goku au palais de Dendé. Son Goten et Trunks ont maintenant environ 27-28 ans et Pan a maintenant 15 ans. Hercule devient chauve. Krilin quant à lui a maintenant une moustache et des cheveux gris. Depuis la fin de Buh qui, on se le rappelle avait été tué par Son Goku grâce à un Genkidama, la paix règne sur la terre.  

Pendant ce temps, Pilaf, Shu et Maï (ils sont vraiment vieux maintenant) grimpent la tour de Karine pour arriver dans le palais de Dendé. Quand ils sont à l'interieur du palais, ils recherchent des Dragon Balls spéciales. Il s'agit des Dragon Balls noires. Il paraitrait qu'elles sont plus puissantes que les normales. Avant que Pilaf appelle Shenron, Shuu s'émotionne en pensant qu'ils n'ont jamais été aussi loin et Maï rappelle que c'est toujours à ce moment qu'ils sont interrompus. Pilaf espère n'avoir aucun empêchement cette fois. Shenron est donc appelé.

C'est à ce moment là que Son Goku entre en scène. Pilaf, surpris de voir Son Goku après toutes ces années, dit alors entre ses dents qu'il aimerait que Son Goku redevienne enfant. Shenron prend alors ce souhait comme le voeu de Pilaf et Son Goku redevient enfant. Pilaf se sauve et n'est plus jamais revu.

Son Goku retourne donc chez lui et explique à tout le monde ce qui est arrivé. Mister Popo apparait et dit à Son Goku que les Dragon Balls noirs de l'espace sont dispersés dans tout l'univers. Celles-ci, pourrait faire redevenir Son Goku adulte. De plus, Mister Popo dit que si les Dragon Balls noirs ne sont pas réunient d'ici un an, la Terre explosera. Son Goku et Trunks obtiennent donc une capsule spatiale pour partir vers de nouvelles aventures. Pan décide de s'embarquer clandestinement dans la capsule et endommage un moteur sans le faire exprès.

La capsule spatiale tombe en panne sur plusieurs planètes. Sur ces planètes, nos trois héros s'emparent des Dragon Balls noirs et rencontrent beaucoup de personnages peu importants. Son Goku et Trunks sont ammenés à se transformer en super guerrier pour se débarrasser de leurs adversaires. Pan se bat quelques fois, mais préfère regarder nos deux experts à l'oeuvre. Ensuite, nos héros rencontrent Giru, un petit robot qui avale le radar de Dragon Ball. Alors nos amis le prennent avec eux, car il agit comme un véritable détecteur de Dragon Balls.

Nos héros débarquent sur la planète du Dr. Myuu. Ce dernier est un scientifique démoniaque qui crée un groupe de cyborgs et de robots. Giru est une de ses créations. Trunks est malheureusement kidnapper. Alors, Pan et Giru vont sauver Trunks pendant que Son Goku fait passer un mauvais quart d'heure à Ruudo, une création du docteur Myuu.  

Un des projets du Docteur Myuu est Baby. Baby est le seul à avoir survécu parmi les Tsufurs qui ont été exterminés par les Saiyens. Comme c'est le seul survivant, Baby veut sa revanche sur tous les Saiyens. Dr.Myuu a trouvé Baby dans l'espace et l'a sauvé. Baby a le pouvoir de prendre possession de n'importe quel corps et prendre sa puissance. Il va prendre le corps du Dr.Myuu et va le tuer par la suite.

Son Goku, Trunks, Pan et Giru retourne sur Terre avec les sept Dragon Balls Noirs. Mister Popo les mets en sureté pour une future utilisation. Pendant ce temps, Baby débarque sur Terre. Lentement, il prend le corps de Trunks, Son Gohan et Son Goten. Quand il laisse un corps, un oeuf est laissé dans le cerveau. Cet oeuf fait de sa victime un vrai zombi au service de Baby. Quand Son Gohan est Baby-Son Gohan, il blesse Piccolo. Baby prend possession du corps de Végéta celui-ci lui convient parfaitement, alors il décide de rester dedans. Par la suite, toute la population de la Terre deviendra des esclaves de Baby sauf Son Goku, Oob, Hercule, Pan et Mister Bubu. Popo, qui lui aussi a été victime de Baby, utilise les Dragon Balls noirs pour recréer une nouvelle planète Plant.

Oob essaie de vaincre Baby-Végéta, mais est malheureusement vaincu. Mister Bubu joint la bataille, mais est tué... Le corps de Bubu est à coté de Oob et son esprit va dans celui de Oob. Cependant, même avec cette fusion, ils n'arrivent pas à vaincre Baby-Végéta.

Son Goku fait face à Baby-Végéta, mais ce dernier gagne facilement sur le jeune Son Goku. Son Goku augmente sa puissance et devient Super Saiyen 3, mais est encore battu. Shin, voyant Son Goku se faire maltraiter de la sorte, le retire du combat et l'emmène sur sa planète. Sur la Planète de Shin, les habitants qui sont avec lui sont entrain de développer une formule pour que Son Goku puisse retrouver sa queue arrière, qui on se le rappelle, ne repousse plus après une transformation en Super Saiyen. Son Goku retrouve donc sa queue.  

Son Goku va donc sur la Planète Plant et refait face à Baby-Végéta. Après avoir encore perdu contre ce dernier, Son Goku se trouve au sol et regarde la pleine Terre. Cette dernière agit comme une pleine Lune. En conséquence, Son Goku atteint l'étape d'Ougon Oozaru (grand singe d'or). Le singe est en or au lieu d'être brun parce qu'il a regardé la Terre et non la Lune. Son Goku est beaucoup plus fort, mais ne peut pas se contrôler et détruit tout ce qu'il voit.

Un autre changement se produit, Son Goku va saisir le contrôle de son corps et va atteindre un niveau plus haut que celui de Singe d'or. Sa puissance augmente au niveau de Super Saiyen 4. La bataille change de bord et Baby-Végéta est perdant.

Le zombi Bulma crée une loupe pour son mari. Elle amplifie les rayons de la Terre et Baby-Végéta atteint l'étape d'Oozaru. Donc Son Goku se fait battre une fois de plus. Pendant ce temps, Shin se demande si l'eau sacrée (la même que celle que Son Goku a bu pour vaincre le démon Piccolo), pourrait désenvouter les zombis de Baby. Il va donc à la tour de Karine pour obtenir cette eau sacrée. Dendé et Mister Popo sont nettoyés par l'eau sacrée. Cette eau va être aspergée sur tout le monde. Son Gohan, Son Goten, Trunks (maintenant libérés de Baby) et Pan entourent Son Goku. Leur énergie est donnée à Son Goku . Celui-ci retourne donc se battre contre Baby-Végéta. Il fait un Kaméhaméha et vaint enfin Baby-Végéta. Baby laisse le corps de Végéta et se sauve, mais est rattrapé pas très loin et est tué.

La Terre est sur point d'exploser car les Dragon Balls noirs n'ont pas servi à souhaiter la stabilité de la Terre. Tout le monde est envoyé sur la planète Plant. Piccolo décide de rester sur la Terre et de mourir avec elle parce qu'il l'a aimée. Les Dragon Balls de Namek ressuscite la Terre, mais Piccolo reste toujours mort.

Dans l'enfer, Dr.Gero et Dr.Myuu font équipe et créent un androïde nommé artificiel 17. Ils ouvrent un portail pour revenir dans le monde des vivants et s'échappent sur la Terre. Artificiel 17 rencontre C-17 et fusionne pour donner Super C-17. Cell et Freezer ont également été améliorés par les scientifiques et ont comme projet d'assurer l'enfer.  

Son Goku voulait aller en enfer pour battre Cell et Freezer, mais il est tombé dans un piège. Sans Son Goku sur Terre, nos héros ne font pas le poids contre Super C-17. Durant la bataille, Dr.Gero est tenu en otage. Avec les commandes du Dr.Myuu, Super C-17 tue le Dr.Gero. Plus tard, Dr Myuu est également trahi et se fait détruire. En attendant, C-18 et Krilin ont péri dans la bataille. Pendant ce temps, Nappa s'est échappé de l'enfer, mais est battu très facilement par Végéta. Son Goku gagne contre Cell et Freezer, mais est prit dans l'enfer. Piccolo qui lui est au paradis, commence à causer le chaos pour aller aider Son Goku en enfer et aussi, afin de retourner sur Terre. Avec un tour de Namek, Piccolo et Dendé créent un portique qui permet à Son Goku de rentrer de nouveau sur Terre. Une bataille entre Super C-17 et Son Goku arrive et Son Goku en sort vainqueur.

Les Dragon Balls sont de nouveau recueillis pour rammener Krilin et C-18 à la vie. Quand Shenron est appellé, quelque chose ne va pas. Un mauvais Shenron apparaît avec un rire anarchique. Nos héros apprennent que les Dragon Balls ont fendu du fait de l'énergie négative accumulées dans les boules de cristal. Un nuage apparaît autour du Shenron méchant et il se divise en 7 Shenrons méchants. Les Dragons volent chacun de leur côté et sèment le Chaos. Chaque Dragon a son élément, et quand il est avec son élément il prend sa vrai forme.

Son Goku et Pan volent pour aller combattre ces Dragons maléfiques. D'abord ils rencontrent Ryan-Shenron. Ce dernier leur indique qu'il est né quand Bora est revenu à la vie grâce aux Dragon Balls. Ce Dragon est celui du Dragon Ball 2, il est celui de la pollution de l'eau. Son Goku et Pan le décime. Le Dragon Ball 2 est rétabli.

Ensuite, Son Goku et Pan suivent le signal du radar de Dragon Balls et recontrent UU-Shenron. Il est né dans la boule 5 quand Son Goku avait été tué par Raditz pour être ensuite ressuscité par les Dragon Balls. Ce Dragon de l'électricité est touché par la pluie et est tué. Un autre Dragon Ball de rétabli.

Ryuu-Shenron est le prochain Dragon rencontré. Il est né du Dragon Ball 6 quand Oolong a souhaité une culotte. Ce Dragon possède la puissance de l'ouragan. Son Goku apprend de lui sa faiblesse et l'attaque sur la Tête. Le Dragon Ball 6 est restauré.  

Après ceci, Son Goku et Pan s'envolent vers Chii-Shenron, qui lui, est né du Dragon Ball 7 quand tous les gens tué par Majin-Buh ont été ressuscité. Pan est capturé dans le corps de ce Dragon mais est sauvée par Son Goku et ce dernier tue le Dragon après. Le Dragon Ball 7 est restauré.

Suu-Shenron est le prochain que Son Goku et Pan rencontrent. Il est né quand Piccolo a été par un souhait, retourné à la vie. Ce Dragon du soleil est associé au Dragon Ball 4. Il défie Son Goku dans une bataille en un contre un. Le Dragon de glace vient aider son frère, mais le Dragon du Dragon Ball 4 veut poursuivre ce combat à la loyal. Le Dragon de glace est donc tué par Son Goku. Son Goku est très impressionné par le sens de l'honneur de Suu-Shenron. Alors Son Goku et Suu-Shenron reprennent le combat. Mais le Dragon du Dragon Ball 1, Li-Shenron, vient se mêler à la bataille. Son Goku le tue en Super Saiyen 4, mais Li-Shenron revient à la vie. Il s'empare des Dragon Balls et fusionne avec. Son Goku même en Super Saiyen 4 ne peut rivaliser avec ces Dragons fusionnés.

Bulma crée un rayon brutal et rend Végéta Super Saiyen 4. Ce dernier joint Son Goku dans la bataille. Les deux ensembles ne sont pas capables de rivaliser avec Li-Shenron. Donc ils décident de fusionner avec la technique de la danse pour former Super Gogéta 4. Ce dernier attaque Li-Shenron qui est détruit. Mais ce dernier revient toujours et refusionne avec les Dragon Balls. Par contre, Son Goku obtient le Dragon Ball 4 avant que Li-Shenron ne l'avale. Par la suite, Son Goku perd le Dragon Ball 4 et Li-Shenron le réabsorbe. Végéta suggère d'utiliser la fusion encore une fois, mais Son Goku est trop faible pour redevenir Super Saiyen 4.

Un dernier espoir vient à l'idée de Son Goku. Il commence à créer un Genkidama. Chaque personne sur Terre soulève leurs bras pour donner leur énergie à Son Goku. Son Goku se déplace vers les Kaios et leur dit que l'énergie n'est pas assez grande. Les Kaios acceptent d'aider Son Goku pour chercher des formes de vies dans la galaxie afin de recueillir l'énergie nécessaire. Avec toute cette énergie, le Genkidama de Son Goku détruit Li-Shenron.  

Tous les Dragon Balls sont restaurés à la normal. Shenron apparaît sans être appelé et indique qu'il ne fera plus de souhait en raison de tous les ennuis que les Dragon Balls ont causé. Son Goku réussit quand même à le convaincre de faire un souhait final afin que tous les gens ayant été tués durant cette saga soit restaurés. Le souhait est accordé et Son Goku monte sur le dos de Shenron. Chichi et ses fils vont à la maison et préparent un grand festin en attendant le retour de Son Goku, ignorant ce qui suit. Pan note les vêtements déchirés de son grand-père et se demande s'il est parti pour de bon. Végéta lui indique qu'il est désormais parti. Son Goku rend visite à Yamcha, Plume, Tenshinhan, Chaozu, Krilin, Tortue Géniale et Piccolo.

A la fin, Son Goku se couche sur le dos et les Dragon Balls sont absorbés en lui et il disparait.

C'est maintenant 100 ans après. Son Goku Jr (petit-fils de Pan) est en final du championnat du monde des arts martiaux. Il est en final avec Végéta Jr. Les deux garçons sont au niveau de Super Saiyen 1. Pan est parmi les spectateurs. Elle note que, Son Goku (Sénior), assiste au combat de l'autre côté du stade. Pan va vers lui, mais perd son grand-père dans la foule. Son Goku marche au loin et des points culminants de Dragon Ball Z et GT sont montrés. Dragon Ball vient à une fin. Bon départ Son Goku, jusqu'au jour où nous nous retrouverons encore!